Przy określonych schorzeniach lub zaburzeniach zdrowotnych niektóre z zalecanych suplementów diety mogą okazać się albo czynnikiem wspomagającym terapię niektórych chorób bądź też wywierać działanie wręcz odwrotne, czyli szkodliwe dla zdrowia. Niektóre z oferowanych na rynku preparatów mogą także wchodzić w niebezpieczne interakcje ze stosowanymi lekami. Przed wyborem programu suplementacji istnieje więc konieczność przeprowadzenia wywiadu na temat zdrowia oraz stosowanych leków w celu wyeliminowania ewentualnych przeciwwskazań. Ograniczenia do stosowania określonych preparatów mogą wynikać także z innych przyczyn, np. ciąży. W takich przypadkach, zalecenie określonych suplementów powinno odbywać się zawsze za zgodą lekarza.
Skutkiem niektórych interakcji mogą być istotne następstwa kliniczne, jak brak lub zmniejszenie efektywności stosowanego leku, zwiększenie jego toksyczności albo wystąpienie niebezpiecznych powikłań, takich jak zaburzenia przewodzenia i rytmu serca oraz gwałtowny wzrost ciśnienia tętniczego krwi. Najwięcej poznanych interakcji zachodzi na etapie wchłaniania leku. Ma, to miejsce wówczas, gdy lek spożywany jest jednocześnie z suplementami, względnie w odstępstwie kilkudziesięciu minut od ich zażycia.
